因應分系獨立，本系系徽於95學年度委託本校應用美術系碩士陳玉敏小姐負責設計，創作精神依據原食營系系徽及教師意見整合而成 過程中先製作多項雛形，再由全系師生投票選出一組，續經系務會議多次交換意見修訂而成。 新的系徽主體中，除了延續自1963年起即使用之系徽中的食品實習工廠元素，此類似火車頭的工廠圖形的意義為創造奮發的精神，並持續培育國內食品科學領域專業人才的創系宗旨。 另外也帶入食品(Food，簡寫為F)及科學(Science，簡寫為S)的兩大要件，二者之間再以齒輪作嵌接，象徵食品與科學密切契合，並且如齒輪般不斷向前傳動，不斷在食品科學領域創新發展。
另外，身為食科人，我們有責任於致力促進國民健康與國家經濟發展。為此，系徽在整個系名上下緣加入創造更健康、更美味、更安全的食品(For Healthier, Tastier, Safer Foods) 的期望，期望本系全體師生都能對全體國人的飲食盡一份力量。
另外，身為食科人，我們有責任於致力促進國民健康與國家經濟發展。為此，系徽在整個系名上下緣加入創造更健康、更美味、更安全的食品(For Healthier, Tastier, Safer Foods) 的期望，期望本系全體師生都能對全體國人的飲食盡一份力量。
